W Linux pomoże instrukcja DD, a jak nie chcesz odpalać Linuxa, to są aplikacje narzędziowe do rozwiązywania problemów z pendrive-ami.
W Winzgrozie zajrzyj też do: Start menu > Disk management > Create and format hard disk partitions > Removable disk i tam możesz usunąć partycję, założyć nową i sformatować.