Mam z tym narzędziem jeden, dość podstawowy problem: opiera się na specyfikacji HTML, a więc sprawdza wyłącznie poprawność syntaktyczną. A raczej nie z tym jest największy problem (od tego jest walidator), tylko z semantyką.
Dodatkowo to nie wyłapuje ciekawych smaczków, np. podany przykład div w p jest niemożliwy do stworzenia w rzeczywistym świecie. Akapit bowiem zamknie się przed divem:
<p><div></div></p>
<!--daje-->
<p></p>
<div></div>
<p></p>