Nie wiem czy dobrze zrozumiałem bo: jak masz diva 100% i 2 divy w środku po 50%, to jak dodasz margines po lewej stronie to nie mogą one zostać takie same (bo obszaru roboczego zostaje Ci 100% szerokości - 50px).
Natomiast jeżeli chcesz dodać po lewej stronie margines tak żeby 2 divy nadal pozostały koło siebie (ale pomniejszone), to użyj
padding-left: 50px;
na elemencie, który jest rodzicem tych dwóch divów (czyli tego, który ma 100% width).
https://jsfiddle.net/x9ybzou2/
Tutaj masz przykład, jeżeli nie chodzi o to, to prosił bym o dokładniejsze wyjaśnienie problemu.
Pozdrawiam