Ja bym łączył HTML5, CSS3 i JS i traktował to jako jedną całość złożoną z trzech odrębnych klocków. Przynajmniej ja tak się uczyłem. Ucząc się rób mini projekty z wykorzystaniem wszystkich trzech technologii, ale nie rób tego wszystkiego w tej samej chwili.
Osobiście najpierw robiłem formatkę w HTML, potem bawiłem się ze skryptami JS, a jak to już mi działało, na deser dla relaksu próbowałem to wszystko upiększać i układać w CSS. Wydaje mi się, że tak szybciej ogarniesz całość no ale to już raczej tak naprawdę zależy od indywidualnych preferencji.
Również trzeba pamiętać, że ja się tak uczyłem 20-cia lat temu, kiedy jeszcze do końca nie było podziału na front i back, a całą wiedzę człowiek czerpał podglądając strony w sieci.
Jak napisała Kornelia, JS to język programowania i o tym na pewno trzeba pamiętać. Jednak zanim na JS zacznie się robić aplikacje poza przeglądarkowe, na początku warto ogarnąć podstawy pod www.
Powodzenia i napisz jakie są Twoje spostrzeżenia jak już zaczniesz.