w klasie której obiekty chcesz usunać:
static void killAll()
{
foreach((nazwaKlasy) k in GameObject.FindObjectsOfType<(nazwaKlasy)>())
{
Destroy(k);
}
}
Powinno być ok. Ewentualnie używaj destruktora zamiast Destroy, jeśli chcesz np wywołać jakiś particleSystem przy niszczeniu.