A umiesz coś PHP? Z pomocą glob wydobędziesz listę plików i katalogów, z pomocą funkcji is_dir/is_file odfiltrujesz katalogi, z mkdir je utworzysz, z pomocą rename je przeniesiesz.
Naprawdę, odrobina wysiłku i wpisania w google haseł typu "php create directory" albo "php list files in directory" i miałbyś sprawę rozwiązaną.