Tak jak ktoś powyżej odpowiedział na pierwsze pytanie - antywirus z poziomu Windowsa domyślnie nie będzie skanował Linuxowych partycji.
Owszem - kwestia dobrze znana z Windowsa - wirusy, bezpośrednio nie będzie Ci zagrażać na pingwinie, ale w przykładowym scenariuszu - pobierasz pocztę z załącznikami na Linuxie, następnie te pliki przenosisz na Windowsa, plik ma w sobie coś zaszytego - to roznosisz problem z Linuxa poza tym system.
I tu - odpowiadając na Twoje drugie pytanie - w grę wchodzi ClamAV. Najlepsze rozwiązanie na Linuxa. Do niego możesz także dograć dodatkowe bazy danych.
Powodzenia :)