Zakładam, że przedstawiając taki zapis
<pre>
plik1
plik2
plik3
plik4
</pre>
domyślnie, tekst plik1 jest oddzielony od plik2 znakiem końca linii \n więc możesz np. zastosować Insert Multiple Rows
przykład (zakładam, że kolumnę ID masz AUTO_INCREMENT w bazie danych dla tej tabeli)
<?php
// zakładam, że shell_exec('ls /home/user') zwraca taki wynik
$output = 'plik1\nplik2\nplik3\nplik4\n';
//echo "<pre>$output</pre>";
$values = join(' , ', array_map(function($v) { return "('".$v."')"; }, explode('\n', trim($output, '\n\r\x0B'))));
$sql = 'INSERT INTO nazwa_tabeli (nazwa_kolumny) VALUES '.$values;
/* lub
$values = join(' , ', array_map(function($v) { return "('$v')"; }, explode('\n', trim($output, '\n\r\x0B'))));
$sql = "INSERT INTO nazwa_tabeli (nazwa_kolumny) VALUES $values";
*/
echo $sql;
?>