Sądząc po notce od autorów jQ, to starsze wersje (1.x) są przeznaczone dla osób wspierających (bardzo) stare przeglądarki pokroju Internet Explorera 6-8. Weź też pod uwagę, że nowsze wersje, to nie tylko kolejne ficzery, ale i łatki bezpieczeństwa - można o poszczególnych releasach poczytać np. na blogu jQ.
Pytanie, które bym sobie zadał, to "jakie środowiska potrzebuję wspierać" i pod to wybrał którąś z wersji (z możliwie jej najnowszą "podwersją"). Przy okazji kolejne pytanie: do czego potrzebujesz jQuery w swojej aplikacji?