Nie wiem czy dokładnie o to ci chodzi, ale :
@echo off
"C:\Program Files\sciezka-do-aplikacji\aplikacja.exe"
"C:\Program Files\sciezka-do-aplikacji\aplikacja.exe"
Zapisujesz coś takiego w pliku tekstowym, następnie zapisujesz jako - plik z rozszerzeniem .bat i uruchamiasz plik - wtedy o ile dobrze rozumiem powinny otworzyć się te dwie aplikacje, Nie da się utworzyć pliku exe z dwóch ale można stworzyć plik .bat