Na oko, strzelam że dlatego nie działa:
It is not possible to re-include a file if a parent directory of that file is excluded.
Patrz też tutaj: https://stackoverflow.com/a/24678813/2468469
Inna sprawa, że... czemu tego potrzebujesz? Repo z samymi plikami .cs nie brzmi zbyt użytecznie. Co z .sln, .csproj, .config ?