W order by wstawia się nazwę kolumny (z tabeli w bazie danych) według której chcesz posortować:
SELECT * FROM table_name ORDER BY column_name ASC|DESC
https://www.geeksforgeeks.org/sql-order-by/
Czyli w select w order by wstawiasz nazwę kolumny do której zapisuje się wartość z tablicy punkty[$id].
Zakładam jednak, że takie rzeczy to raczej wiesz, więc jeśli to nie jest odpowiedź na pytanie to, może sformułuj je jakoś inaczej lub podaj przykład jakie dane masz w tabeli, jakie ma kolumny i co ma być wynikiem.