Bootstrap i tym podobne to tylko biblioteki kodów napisanych w css, nie jakiś program.
Samemu możesz stworzyć taką bibliotekę.
Nadal to będzie tylko kod css.
Możesz użyć tylko część kodów z danej biblioteki, kiedy tylko chcesz.
Możesz zmodyfikować daną bibliotekę tak, by nie załączać zbędnych dla siebie kodów nie obciążając zbędnie strony.
Pomijając bootstrap, jeżeli masz na myśli ten css grid:
https://css-tricks.com/snippets/css/complete-guide-grid/
To jest opcja display: grid wbudowana w css, i nie wiele ona się ma do bootstrap.
Bootstrap o ile się nie mylę ma swój grid stworzony w display: flex i mniej możliwości niż css grid oferuje.
Css grid jest bardziej rozbudowany, ale nowy i chyba dopiero teraz w pełni bezpiecznie jest go używać jeśli chodzi o wsparcie przeglądarek.
Gdy załączasz bootstrap. używają klas jakie odwołują się do bootstrapa korzystasz z tej biblioteki.
Normalnie jednak tworzysz i używasz kiedy chcesz swoje kody, gdyby jakaś biblioteka w tym przeszkadzała nie miała by ona sensu.
Biblioteka to tylko narzędzie, którego używasz kiedy chesz.
Css grid nie koliduje w żadnym stopniu z bootstapem bo grid bootstrapa nie ma w swoim kodzie nawet ani razu opcji: diplay:grid, możesz sprawdzić tutaj:
https://github.com/m-spyratos/bootstrap-4-grid/blob/master/css/grid.css
Jednak, idzie skolidować z bootstrapem swoje kody, jeśli samemu nadasz taką samą klasę i przypiszesz jej kody, co używa bootstrap.
Wtedy w zależności, czy plik bootstrap, czy swój kod css załączysz ostatni, pokrywający się ze sobą kod zostanie wyegzekwowane przez przeglądarkę ten, który wczyta się ostatni.
Jednak by do tego doszło, pewnie trzeba to zrobić specjalnie, bo jak ktoś załącza bootstrap to mniej więcej wie, jakie klasy oni używają, z resztą i tak trudno by było trafić jakąś nie znając ich.