Jak masz odpowiednie prawa do skryptu to nie ma różnicy. Chyba, że ja o czymś nie wiem.
I tak crontab jest zapisywany do plików w:
ls -l /var/spool/cron
Jedynie co mi przychodzi do głowy to to, że ścieżka do pliku może być nieaktualna jak niechcący przeniesiesz skrypt.