Musisz dodać na każdy element menu (link) addEventListener na 'click', który będzie usuwał klasę z menu i tyle. Jeżeli to napisałeś sam, to nie będziesz miał problemu z napisaniem tego co Ci podałem.
Pamiętaj, że w tym przypadku musisz zastosować querySelectorAll dla wszystkich elementów menu oraz później forEach natych elementach, a dopiero później addEventListener.
Powinno to wyglądać mniej więcej tak:
var links = document.querySelectorAll(element wskazujący na linki);
links.forEach(el => el.addEventListener('click', function () {
menu.classList.remove('is-active');
});