Rozumiem, że do ładowania bibliotek używasz funkcji typu LoadLibrary() lub podobnych bo piszesz, że to program nie może ich znaleźć. Musisz podać ten folder w ścieżce. Warto też wywołać funkcję GetLastError() z kernel32.dll (Windows.h) i sprawdzić, co się stało na tej stronie:
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms681381(v=vs.85).aspx
Jeśli jednak bibliotekę ładujesz przez system podczas uruchamiania procesu, to musisz mieć poprawne wpisy w tablicy importów. Ja kompilując z konsoli zrobiłbym to tak:
gcc mySrc.c C:\code\myProject\bin\myDll.dll -o myExe.exe
W C::B z tego, co pamiętam jest opcja dodania argumentów kompilatora poprostu wpisując je w jakimś textBoxie w opcjach. Chyba było do tego też dedykowane okienko, ale tego nie jestem pewien. Musisz dodać do argumentów ścieżkę do bibioteki.