Cześć.
To jest skomplikowany projekt jak na początek ale postaram się podpowiedzieć.
Tak na gorąco to zastanowił bym się najpierw jaka ma być struktura takiego programu oraz jakie zależności powinny mieć między sobą klasy. Można sobie to rozrysować w ładny diagram - poczytać google o projektowaniu aplikacji zorientowanych obiektowo.
Co do mechaniki działania - bo zakładam że menu itp. to sobie zrobisz bez problemu.
Kolejna sprawa stricte techniczna to wyszedłbym z klas głównych Kwas oraz Zasada i zrobiłbym do nich klasy dziedziczące opisujące poszczególne kwasy lub zasady. Później wprowadzane dane trzeba by spakować w jakiś kontener pewnie lista lub vector tutaj kłania się biblioteka STL. Do obliczeń matematycznych to masz większość potrzebnych rzeczy w bibliotece standardowej - tylko trzeba zrobić rozeznanie jakie metody są Tobie potrzebne.
No i kwestia ogarnięcia tematów obliczeń - tutaj może być skomplikowana sprawa bo trzeba określić zależności o których pisałeś i szczerze to nie mam pomysłu jak to zrobić - trzeba by się wgryźć w temat.
Co znalazłem na googlach:
Projekt dot. chemi w C++
dokumentacja STL i STD
Pozdrawiam!