Jeśli chcesz żeby menu strony było również w containerze, to umieszczasz je również w tym containerze.
<div class="menu">
<nav>
<ul>
<li><a href="#container">Start</a></li>
<li><a href="#naglowek-glowny1">Eksperyment</a></li>
<li><a href="#naglowek-opisowy1">Zdjęcia</a></li>
<li><a href="#naglowek-opisowy2">Opis eksperymentu</a></li>
</ul>
</nav>
</div>
Zbędny div. Lepiej byłoby tak:
<nav class="menu">
<ul>
<li><a href="#container">Start</a></li>
<li><a href="#naglowek-glowny1">Eksperyment</a></li>
<li><a href="#naglowek-opisowy1">Zdjęcia</a></li>
<li><a href="#naglowek-opisowy2">Opis eksperymentu</a></li>
</ul>
</nav>