Pisząc najprościej, Java SE to "Standardowa Edycja" Javy. Czyli wszystkie podstawowe biblioteki tego języka. Java EE to "Edycja Enterprise", czyli to samo, co Java SE + dodatkowe API (JPA, JSP, JSTL itd. ) do pisania aplikacji webowych.
Z polskich materiałów to chyba TUTAJ jest najlepsze źródło. Z książek to tak jak poprzednicy napisali - znajdź coś aktualnego (Java 8), a potem szukaj pod hasłami "Java EE - programowanie aplikacji www" i "Spring w akcji".