Wizualnie? Polecam proste programy do grafiki wektorowej jak Inkscape, bądź też, bardziej analogowy ołówek, kartkę i zestaw markerów. Logikę nałatwiej opiać w bloczkach algorytmu, np. w standardzie UML. Programów do tego jest wiele, był już taki temat na forum, ze swojej strony polecam WhiteStarUML