Ok zakładam że masz specjalną klasę (tzw. controller) do obsługi danej sceny w której chcesz umieścić RadioButtony/ToggleButtony. Po pierwsze musisz przed nimi skorzystać ze specjalnej adnotacji @FXML dzięki czemu zmienna która odpowiada za obiekt Buttona będzie widoczna dla Scene Buildera.
Teraz otwierając Scene Buildera i dodając buttony (przeciągając je na scene) zobaczysz taki widok:
Teraz trzeba podpiąć przyciski do odpowiednich obiektów w twojej klasie. Aby to zrobić na początek w miejscu czerwonej strzałki musisz wybrać plik z klasą odpowiedzialną za tą scene (wspomniany wcześniej controller). Kiedy to zrobisz klikasz na button który chcesz podpiąć i w miejscu zielonej strzałki wybierasz zmienną która w klasie jest odpowiedzialna za dany przycisk, Czyli np. mając zmienną RadioButton simpleRadioButton; to z listy po zieloną strzałką wybierasz simpleRadioButton. W tym momencie jest już nawiązane połączenie między widokiem a kontrolerem.
Nie trzeba jednak podpinać konkretnego obiektu do jakiegoś przycisku na scenie, ba nie trzeba nawet tworzyć takiego obiektu. Wystarczy w miejscu zaznaczonym niebieską strzałką podpiąć samą funkcję z kontrolera która będzie wykonywana np onAction (po użyciu danego przycisku) a Java od razu ogarnie co ma zostać wykonane. Mam nadzieje że pomogłem jeśli chodziło o coś innego to doprecyzuj pytanie :P polecam dość krótki tutorial JavaFX link który dobrze tłumaczy podstawy JavaFX (o ile angielski nie jest problemem)