Rozumiem że chciałbyś zrobić cały program w fxml. Nie jestem Javowcem jednak z tego co mi wiadomo nie jest to możliwe. Fxml to język znaczników opisujący wygląd twojej aplikacji. Jest to zmodyfikowany przez oracle język XML. Freamwork JavaFX wymaga na tobie używanie wzorca architektonicznego MVC. Twoja aplikacja dzieli się na Model czyli logikę aplikacji, View czyli właśnie widok i ten widok jest napisany w fxml oraz controler który spaja to wszystko, przekazuje informacje z modelu do widoku i na odwrót.