Jeśli dobrze zrozumiałem twój problem to chcesz uruchomić swój program klikając na niego. Jeśli tak musisz ustalić uprawnienia dla tego pliku
W terminalu
cd ~/ścieżka/do/twojego/pliku
ls -l
# pewnie wyświetla rwxr-xr--
chmod +x nazwaTwojegoPliku
ls -l
# teraz powino być rwxr-xr-x
To powinno rozwiązać twój problem.