'definiowana jest klasa mysql czy coś takiego i tam znajduję się całe łącznie z bazą'
w proceduralnym też możesz wydzielić przecież sekcję i użyć include/require(co ci pasuje, inc przepuści błąd połączenia/złe dane logowania/itp, req zatrzyma skrypt).
przy klasach zaletą jest możliwość zrobienia niektórych rzeczy private/protected.