Jest, Windowsowy QueryPerformanceCounter (std::high_resolution_clock z <chrono> go używa w nowszych wersjach VS) (nie odpalałem tego kodu, ale pisałem go parę razy i powinien idealnie zadziałać):
LARGE_INTEGER t1, t2, freq;
QueryPerformanceFrequency(&freq);
QueryPerformanceCounter(&t1);
// mierzony kod
QueryPerformanceCounter(&t2);
double sekundy = (t2.QuadPart-t1.QuadPart) * 1.0 / freq.QuadPart;
double nanosekundy = sekundy / 1000000000;
W każdym razie z włączonymi optymalizacjami (a nawet bez nich) przy zaledwie 1000 elementach czas będzie na poziomie błędu, a co dopiero różnice w czasie. Lepiej porównywać z 500k+ elementami.