Może trafiają do innego katalogu na karcie? Może robisz w RAW-ach, a szukasz JPG-ów na karcie? :). Może karta nie kontaktuje w slocie (czasami się to zdarza)?
Usunięte pliki można odzyskać - więc sprawdź, dla potwierdzenia, czy rzeczywiście pliki są kasowane.