Cześć,
Twoja zmienna counter zlicza ilość takich samych wartości, jakie znajdują się w tym samym wierszu i na tej samej pozycji z dwóch plików. Druga pętla jest zbędna / niepoprawna.
Liczba powtórzeń takich samych liczb w ciągach może być różna
Pierwszym zadaniem w pierwszej pętli byłoby usunięcie tych powtórzeń - i to dla dwóch wierszy - dopiero po tym, należałoby wykonać porównanie oby wierszy.
Jeżeli chodzi o pętle, to nie musisz na sztywno podawać wartości - liczby iteracji. Możesz ją dopasować do rzeczywistej liczby elementów, po przez:
for i in range(len(arr1)):
...
To byłoby wygodniejsze w momencie, gdybyś chciał sprawdzić działanie kodu dla plików przykładowych (jak widziałem w poleceniu zadania są pliki przykładowe, ze wskazaną poprawną wartością, jaką kod powinien zwrócić.
Pozdrawiam,
Nelson