Cześć,
do Twojego zadania, Twój model powinien mieć na wejściu wektor (1 x 4), a nie macierz (2 x 2). Czyli Twoje dane powinny trafić do modelu w postaci [x1, y1, x2, y2]. Możesz pójść o krok dalej i wycentrować dane tak, żeby x1, y1 były w centrum osi współrzędnych (x1=0, y1=0). Wtedy na wejściu model będzie mieć dwa neurony (1 x 2).
A jeżeli chodzi o budowanie modelu z jednym wyjściem, to nie ma problemu. Do tego musisz wybrać odpowiednią funkcję straty i odpowiedni wskaźnik jakości dla metody optymalizacji. Jako, że model ma przewidywać jakieś wartości, to oznacza, że będzie wykonywać zadanie regresji. Tutaj masz listę dostępnych wskaźniki jakości dla Keras/TF, a tutaj funkcje straty.
Jeżeli chodzi o Tensorflow - jest to dobra biblioteka ale trochę skomplikowana. Jeżeli chcesz sobie życie ułatwić spróbuj użyć nakładki (zwane wysokopoziomowym API) na Tensorflow, która nazywa się Keras. Dzięki temu budowanie i trenowanie modeli będzie łatwiejsze. Jeśli używasz Tensorflow w wersji wyższej niż 2.0, to Keras jest wbudowany już w Tensorflow. W niższych wersjach też jest moduł Keras ale to nie jest to samo i trzeba osobno zainstalować Keras'a. Ten moduł znajdziesz w: Tensorflow.keras.
Pozdrawiam,
Nelson