Na twoje pytania nie ma jednoznacznej odpowiedzi, to wszystko zależy od konkretnego projektu.
Pozycja GPS jest pobierana tak często jak jest to wymagane lub tak często jak pozwala na to hardware. Jeśli istotna dla ciebie jest jedynie trasa, można zliczać co np. określoną odległość, jeśli istotna jest też prędkość, to być może co określony czas. Być może aplikacja potrzebuje zliczać jakieś konkretne punkty postojowe wtedy istotne będą punkty w których GPS zatrzymuje się na dłużej. W przypadku aplikacji typu endomondo pewnie będzie to co kilka sekund.
Z bazą danych tak samo. Na to wpływ ma też doświadczenie z konkretną bazą i rodzaj projektu.
Przy sposobie zapisu to samo. Może pojawić się wymóg od biznesu na użycie relacji, bo być może ktoś generuje metryki bezpośrednio z bazy. Ale chyba lepszym sposobem będzie użycie pola JSON w przypadku SQL. W przypadku baz dokumentowych zapewne jako tablica.