Sprawa jest bardzo prosta:
Aby dobrze zrozumieć co się dzieje wstaw coś takiego w css
body {
min-height: 200vh;
}
#container {
margin-top: 100px;
}
Niepotrzebnie dodajesz klasę sticky w chwili scrollowania. Powoduje to, że belka w której jest zegar zostaje "oderwana" a kafelki które są pod nią wskakują na jej miejsce i są zasłonięte przez tą belkę.
Tak więc jak już wcześniej wspominałem - niepotrzebnie dodajesz kalsę sticky przy scrollowaniu. Powinna być tam na stałe, a kafelki lub dowolny element poniżej powinien mieć odpowiedni margines górny aby nic na siebie nie nachodziło.