for x in file:
y = file.read(1)
Pętla iteruje Ci się po liniach pliku.
Czyli (jeśli sam dobrze rozumiem): najpierw pętla wczytuje jedną linię, potem read() wczytuje jeszcze jeden bajt... raczej nie brzmi jak to, co chcesz zrobić.
Ta liczba na początku jest częścią stringa `x`. Nie trzeba nic więcej z plikiem robić, żeby ją usunąć ze stringa.
print(x.replace("\n","".replace(y,"")))
A tej linii w ogóle nie rozumiem. Zamieniasz znak nowej linii na... pusty string z zamienionym `y` na pusty string (czyli wciąż pusty string)?