Trudność zadania sprowadza się do napisania parsera.
Ja bym to zrobił następująco:
while (mogę_czytć_z_pliku) {
linia = wczytaj_linie_z_pliku();
if (linia zaczyna się znakiem '#')
continue;
tokeny = podziel linie na słowa
if (tokeny[0] == znana_instrukcja_1) {
if (tokeny.length != ilosc_parametrów_instrukcji_1) {
ZGŁOŚ_BŁĄD
}
// obsługa instrukcji
}
...
else if (tokeny[0] == znana_instrukcja_N) {
...
}
else {
ZGŁOŚ_BŁĄD
}
}