Krótkie naprowadzenie... Porzuć ten tutorial bo jeszcze 6h i będzie on mieć rocznikowo 6 lat. ogólnie taki szkielet dostarczają Ci frameworki: laravel, symfony, lumen.
Co do testów, to zgadzam się z Tobą. Mockujesz to z czego korzystasz i sprawdzasz czy wszystko zostało wywołane. Jak trochę podłubiesz w Phpunicie i Mockery/Prophecy to ogarniesz że wszystkie zależności warto przekazywać przez konstruktor, a nie statycznie. Dostrzeżesz również zalety korzystania z interfejsów.
Pamiętaj, że testy powinny być jak najkrótsze, czytelne oraz zawierać kod pokazujący intencję sprawdzania. Jeśli w teście robi się syf to znaczy że są problemy z testowanym kodem