Generalnie jest to kwestia sporna i nie jest powiedziane, że musisz robić tak albo tak.
Trzymanie scss w oddzielnych plikach tak samo jak w .vue ma swoje wady i zalety. Zaletą trzymania ich oddzielnie jest na pewno, że pliki .vue się nie rozrastają przez co są łatwiejsze w utrzymaniu (ja osobiście nienawidzę długich plików). Zaletą trzymania styli w .vue jest scope'owanie styli przez co nie dostarczasz przeglądarce więcej styli niż ta potrzebuje.
Musisz zastanowić się co jest dla ciebie ważniejsze i wybrać samemu.