Powinno się poszukać w man aplikacji gdzie trzyma te pliki konfiguracyjne i je usunąć.
Generalnie szukałbym w /etc/ i ukrytych w katalogu domowym, ale jeśli chcesz mieć pewność to zarzuć find na całym systemie:
sudo find / -name "*nazwa_aplikacji*" 2> /dev/null