Niezbyt umiem obsługiwać tą grę, ale obstawiam, że chodzi o użycie metody String.prototype.indexOf, która zwraca indeks pierwszego wystąpienia szukanej wartości w stringu. Zamiast tego zastosuj metodę String.prototype.match i przekaż do niej wyrażenie regularne - w przypadku, o który pytasz wystarczy wyrażenie /a/g i dostaniesz listę wszystkich liter "a" w stringu.