Nie wiem jak chcesz uruchomić skrypt na hoście, ale masz kilka wyjść. Możesz to zrobić ręcznie, możesz też uruchomić jednorazowo z wykorzystaniem at. Jeśli chcesz to robić cyklicznie, to skorzystaj z cron. Dane możesz wysłać z pomocą scp lub rsync, ustanawiając połączenie przez ssh. Serwer musi sprawdzić, czy otrzymał pliki. Możesz to zrobić, pisząc skrypt, który będzie sprawdzał zawartość katalogu cyklicznie z użyciem wspomnianego cron lub możesz nasłuchiwać za pomocą inotify. Po otrzymaniu zmian, powinien się uruchomić automatycznie skrypt na serwerze, którzy przetwarzy dane i wyśle je do hosta*. Punkty 3. i 4. to powtórzenie 1. i 2.
* Jeśli serwer nie będzie w stanie odpowiedzieć hostowi (zmienne IP hosta), to w takim wypadku po wysłaniu paczki na serwer i odczekaniu jakiegoś czasu, musisz wysłać zapytanie scp ze specyfikacją, które pliki pobrać z serwera.
Żeby za każdym razem skrypty nie czekały na podanie haseł podczas łączenia się przez ssh, poczytaj sobie o public key authentication.