Powinieneś mieć w nagłówkach e-maila pole Content-Type które mówi o tym jak konkretnie jest zakodowany e-mail. W zależności od typu kodowania musisz dobrać odpowiednie podejście (tj. najlepiej rzuć okiem co piszą na wiki o danym typie kodowania).
Co więcej, nagłówek Content-Transfer-Encoding może być ustawiony na coś ciekawego - to wymaga zazwyczaj kolejnego dekodowania.
Więc... w zasadzie pytanie brzmi: jakie masz nagłówki w e-mailu, który chcesz rozkodować?