W bazie danych w tabeli z użytkownikami dodajesz kolumnę, np. "activation_key". Następnie wysyłasz użytkownikowi linka z jej wartością w adresie. Gdy użytkownik wejdzie odczytujesz tenże klucz aktywacyjny z adresu i szukasz po nim użytkownika w tabeli. Jeśli się znajdzie ustawiasz w jakiejś innej kolumnie która przechowuje to czy użytkownik jest aktywny że jest i usuwasz ten klucz z kolumny "activation_key". W skrócie wszystko.