Nie ma w tym żadnej magii, apt korzysta z modelu TCP/IP. apt może korzystać z protokołów HTTP, HTTPS, FTP, i tak dalej... Jak jest u ciebie, możesz sprawdzić zaglądając do pliku sources.list. Do tego jeszcze dodaj ewentualnie połączenie z DNS.
Nie jest tak, że każde distro korzysta z innych, czy tych samych portów - to zależy od konfiguracji.