Mam rozwiązanie, może się komuś przyda.
Stworzyłem klase myRectangle która dziedziczy po rectangle ale ma w sobie iterator.
class MyRectangle extends Rectangle
{
public int i;
public MyRectangle (int i)
{
this.i = i;
}
}
A w EventHandlerze pobrałem zrodło kliknięcia i zapisałem do zmiennej pomocniczej typu MyRectangle a następnie dostałem się do zmiennej i.
rect[i].setOnMouseClicked(new EventHandler<MouseEvent>()
{
@Override
public void handle(MouseEvent t)
{
MyRectangle pom = (MyRectangle) t.getSource()
System.out.println(pom.i);
}
});