Oczywiście w jQuery okno przeglądarki to "window"
Nie. Obiekt window nie reprezentuje okna przeglądarki, ale globalny obiekt dla danej strony - chociaż gdy na stronie umieszczone są elementy <iframe> to każdy z nich posiada własny obiekt window. Ani z poziomu obiektu window ani z poziomu DOM API (a JavaScript ma dostęp do elementów HTML strony za pośrednictwem właśnie tego API) nie masz dostępu do interfejsu przeglądarki; czyli jej okien (patrząc z poziomu programu jakim jest przeglądarka internetowa), kart, ustawień itd.. Dopiero z poziomu wtyczek, czyli wykorzystując np. Chrome API, Firefox API możesz działać na przeglądarce.
https://developer.chrome.com/extensions/tabs#method-query
Metoda chrome.tabs.query zwróci Ci listę wszystkich tabsów. Wrzuć tam if, który sprawdzi, czy jest ich więcej niż 2 (czy ile chcesz).
Z tym, że z tego co pamiętam, to nie da się wykonać metody alert z poziomu wtyczki. Możesz to zrobić z poziomu skryptu wstrzykniętego do strony internetowej (tzw. content script), ale on z kolei nie ma dostępu do powyższej metody Chrome API z powodu bezpieczeństwa. Możesz natomiast np. w background script sprawdzać ilość otwartych kart i, jeśli nastąpi próba zamknięcia przeglądarki przy określonej ilości otwartych kart, wtedy wysłać event do aktualnie otwartej karty, aby tam odpalić alert. Albo skorzystać z Chrome Notifications: https://developer.chrome.com/apps/notifications