System komentarzy robisz w tym samym, co logowanie i rejestrację, czyli w PHP. Łączysz się z bazą danych, pobierasz komentarze i je wyświetlasz. Podobnie dodawanie komentarzy - robisz formularz, wysyłasz na serwer i zapisujesz dane w bazie. Jeśli chcesz dodać odpowiadanie na komentarze i ocenianie będziesz potrzebował do tego JS + Ajax.
Przed przystąpieniem do pracy polecam najpierw się zapoznać z projektowaniem bazy i operowaniu na danych w PHP, bo to jest tu najistotniejsze.