Możesz utworzyć jedną tabelkę zawierającą informacje o bazach oraz z informacjami o ich connection stringach.
Taka tabelka na każdej bazie musiała by mieć takie same wpisy.
Później w procedurach możesz założyć sobie kursor na tej tabelce i użyć dynamicznego sql-a do wykonywania zapytań z tym że jako adres wpisujesz jeszcze początek z nazwą bazy.
Link do opisu dynamicznego sql-a.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188001.aspx
lub drugi sposób poprzez użycie zwykłego
EXEC ('Query')
Link do opisu poniżej. Zobacz sobie na przykłady użycia.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188332.aspx
Nie jestem pewien czy nie powinieneś jeszcze użyć procedury sp_addlinkedserver żeby móc wykonywać dynamicznego sql-a
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms190479.aspx