W twoim kodzie najpierw jest warunek:
if(liczba[i] == 3 ||liczba[i] == 5 || liczba[i] == 7 || liczba[i] ==2)
a później:
else if(liczba[i]<=1 ||liczba[i]%3 == 0 || liczba[i]%5 == 0 || liczba[i]%7 == 0 || liczba[i]%2 == 0)
Przecież to jest bez sensu, zakres liczb jakie musisz sprawdzać jest 1 do 10000 no to już liczba 23 nie spełnia tych warunków a jest liczbą pierwszą. Zła implementacja algorytmu. Poszukaj informacji w internecie na ten temat. Istnieją różne algorytmy rozwiązujące problem sprawdzania czy dana liczba jest pierwsza.