Najprościej:
int[][] B = new int[A.length][];
for (int i = 0; i < A.length; i++ ) {
B[i] = new int[A[i].length];
for (int j = 0; j < A[i].length; j++) {
B[i][j] = A[i][j];
}
}
Możesz też użyć w pętli metody Arrays.copyOf() dla każdego wiersza w pętli:
int[][] B = new int[A.length][];
for (int i = 0; i < A.length; i++) {
B[i] = Arrays.copyOf(A[i], A[i].length);
}
Pozdrawiam,