Niestety ani nie posiadam Arduino, ani żadnego mikrokontrolera którego wykorzystywałbym do programowania, ale z tego co się naczytałem i naoglądałem, to:
- Arduino jest to płytka prototypowa - możesz się tam bawić, kombinować, większość rzeczy jest dość prosta
- "Goły" mikrokontroler - jest tańszy od takiego Arduino i można go raczej wykorzystać na stałe (tj. przylutować) w projektach
@EDIT
No a skoro sobie radzisz przy zwykłej atmedze, no to możesz chyba przy niej pozostać.
P.S. Prosiłbym żeby ktoś zweryfikował to co mówię, bo akurat trochę się tym pointeresowałem, ale praktycznej styczności z programowaniem AVRów nie miałem.