Tak wystarczy zrobić cos takiego
<?php // ktoś wybiera Berlin
$zmienna = Berlin;
$r = $polaczenie->query("SELECT cena FROM miasta WHERE nazwa='$zmienna'") ;
$z = $r->num_rows() ?>
<script>
var cena = <?php echo $z['cena']?>
getElementById('id').innerHTML = cena ;
</script>
Nie jestem pewna pisowni bo dawno nie pisałam w JS.
Mam nadzieje ze pomoglam.
Pozdrawiam