CodeBlocks posiada zestaw ustawień kodowania: Settings/Editor, po lewej zaznacz "General Settings" i wybierz zakładkę "Encoding settings".
Odpowiedzi na drugie pytanie nie jestem pewny, lecz wydaje mi się że nie wszystkie Windowsy mają jednakową stronę kodową. Windows z językiem francuskim ma inną, niż Windows z językiem polskim. Ale to tylko moje gdybanie, bo nie wiem jak sprawdzić stronę kodową systemu. xD