Po prostu kodzisz Layout(tak, chodzi mi o html, css, js), a następnie rozdzielasz go na odpowiednie pliki składowe według struktury plików wordpressa, podpinając do nich funkcję składowe takowego CMSa. Ja mniej więcej nauczyłem się w taki sposób, że troszkę coś tam poczytałem, a później w praktyce próbowałem podłączyć swój lay.
Przydatne:
http://wordpress.kursbootstrap.pl/tutorial/